Een sectio wordt uitgevoerd indien een normale geboorte onmogelijk is, of een normale geboorte een te groot risico zou vormen voor het leven of de gezondheid van kalf of koe. De operatie heeft voor- en nadelen ten opzichte van een natuurlijke geboorte. Enkele voordelen zijn; het kalf komt ongeschonden ter wereld; de koe heeft weinig tot geen schade aan de geboorteweg en de koe kan direct weer staan. Daar tegenover staan nadelen als; infectiegevaar van de wond en ethische kwesties. De dierenarts maakt hierin altijd een weloverwogen beslissing.
Opereren onder stal omstandigheden lijkt ongunstig maar de ervaring leert dat koeien niet gauw een infectie oplopen en omdat ze in hun vertrouwde omgeving staan en daardor een obetere weerstand hebben en minder stress. Bovendien worden zo goed mogelijk maatregelen getroffen om de operatie schoon te laten verlopen.
Een koe blijft, als dat mogelijk is, tijdens de operatie staan. Op de plek waar de snede wordt gemaakt wordt de huid ruim geschoren en daarna lokaal verdoofd. Met een flinke hoeveelheid ontsmettingsmiddel in het water en zeep op de huid wordt de omgeving van de toekomstige snede schoongewassen.
Om de persweeën tegen te gaan en de staart te immobiliseren wordt een 'staartverdoving' gegeven, humaan vergelijkbaar met een ruggenprik. Ook krijgt de koe, om bacteriële infecties tegen te gaan, antibiotica toegediend. Vervolgens wordt de operatietafel klaargemaakt. De koe sederen (suf maken) is bijna nooit nodig. Een steriel zeiltje wordt gebruikt om de tafel af te dekken en alles op het zeiltje blijft zo ook zo goed mogelijk steriel.
Als de verdoving goed is ingewerkt kan worden begonnen met de snede. Eerst de huid, vervolgens verschillende spierlagen (soms wel 10cm dik!) en uiteindelijk het buikvlies. Achter het buikvlies bevinden zich de buikorganen, waaronder de baarmoeder. De achterpootjes van het kalf worden vervolgens naar de buikopening gebracht zodat de baarmoeder goed te zien is.
Door de baarmoederwand heen zijn de achterpoortjes van het kalf goed te voelen. Zodoende kan de baarmoeder voorzichtig worden ingesneden zonder daarbij de placenta te raken. De placenta van een koe bestaat uit een heleboel placentomen, een soort eilandjes waar de vruchtvliezen aan de baarmoeder hechten en uitwisseling van bloed en voedingsstoffen plaatsvindt. Tussen die eilandjes is de doorbloeding van de baarmoeder veel minder, dus daar de snede maken verkleint het risico op nabloeden. Als de pootjes zichtbaar zijn wordt de veehouder gevraagd te helpen met het kalf verlossen.
Als het kalf ter wereld is wordt de baarmoeder goed geïnspecteerd; nergens grote bloedvaten geraakt? geen schade aan de baarmoeder anders dan de snede? Vervolgens wordt de baarmoeder nauwkeurig dichtgehecht. Het is belangrijk dat een baarmoeder lekvrij wordt gehecht en dat aan de buitenzijde geen hechtdraad zichtbaar is. Hierdoor wordt de kans op ontsteking geminimaliseerd.
Als de baarmoeder goed dicht is wordt de buik laag voor laag gesloten. Eerst wordt het buikvlies dichtgehecht, daarna de spierlagen en als laatste de huid.
Alle hechtingen zijn van oplosbaar materiaal, ook de huidhechting. Zodoende hoeven de huidhechtingen er niet meer uitgehaald te worden.
Als de operatie klaar is wordt de koe nogmaals gewassen om bloedresten te verwijderen. De wond wordt nog gesprayd met een desinfectiemiddel en dan mag de koe naar haar kalf.
Bij het kalf wordt de navel nog gecontroleerd of deze niet te kort is afgescheurd en vervolgens ontsmet met jodium.